El Museo de Arqueología esta ubicado en una hermosa casa del siglo XV, que en el Periodo Republicano fue sede de la primera Casa Presidencial y Congreso Nacional de Honduras, ubicada frente a la Plaza San Francisco.

Es el único museo de Cultura Lenca en el mundo, el cual posee una rica colección de cerámica policroma del Periodo Pre Clásico, compuesta por vasijas, vasos, piezas de jade, algunas de ellas procedentes de los 74 sitios arqueológicos de la zona, entre ellos Tenampua, Chircal, Ajuterique, Las Vegas, las Cuenca de El Cajón y Siguatepeque.